.pid файл это, как правило, индикация того факта, что демон (процесс) запущен и выполняется. Создаваться он должен самим процессом (демоном) либо скриптом, который запускает процесс на выполнение. В любом случае, руками при нормальных условиях работы этот файл создаваться не должен.