А где этот режим может настраиваться в интегрированных сетевухах? В биосе?
Видимо, это должно как-то через драйвер сетевой карты настраиваться, если сетевая карта это поддерживает. Но я на сетевых картах с auto MDI не игрался, только на коммутаторах. Сейчас посмотрел параметры у "ethtool -s", там такое не предусмотрено, хотя должно быть, по логике, именно в этом месте. Возможно, могут быть какие-то ключи у модуля ядра при загрузке.
Тем не менее, ethtool наличие фичи показывает там, где она поддерживается:
# ethtool eth5|grep MDI
MDI-X: off