Я думаю раз windows-клиенты коррекно работают с базой, то и Linux тоже может.
Подозреваю, что когда в Windows подключается сетевой диск или просто папка она монтируется со всеми возможными тяжелыми флагами: обновление времени последнего доступа, обвновление времени изменения, ...
Когда же монтируется эта же папка (сетевой диск) в Linux используется более "лёгкое" монтирование, которое не учитывает то же время последнего доступа.
1. Windows клиенты 1С, поключися к базе, в таблицу 1susers записался, установил что он первый использует базу.
2. Linux клент подключается следом, сморит в таблице 1susers не пусто и при этом все выглядит так как будто этот Linux клиент первым подлючился к БД (она не заблокирована, не обновлена где-то в чем-то, я вот не знаю к сожалению как клиент поределяет первый он в базе или нет), а раз он считает себя первым и 1susers не пуста - то кто-то в "прошлый" раз вышел некорректно. И Linux клиент справедливо требует переиндексации.
Признаком того, что кто-то уже вошел в БД является файл 1Cv7.LCK, он пустой но в нём важны две вещи:
1. его наличие.
2. дата его последнего изменения - она равна дате входа последнего подключившегося пользователя.
Думаю из-за кеширования/игнорирования даты изменения файла 1Cv7.LCK/... Linux клиенты 1С могут думать что бы некорректный выход и нужна переиндексация. В сторону кеширования я склюняюсь из-за брошеной автором темы фразы:
>>то следующая Linux-машина может подключиться однократно, если перед этим с неё был монопольный вход с переиндексацией
Явно нездоровое поведение, указываюшее на факт кеширования, которое в данном случае может помешать работе 1С.
Есть еще одна догадка (но она вообще сумашедшая) - часовые пояса. Например, Windows клиент работая в своем часовом поясе подключился к БД и поставил время изменения файла = 30 февраля 2010 15:00, в тоже время Linux считает что сейчас 30 февраля 2010 14:00, подключается к БД, видит что база уже залочена (файл 1Cv7.LCK уже есть), но она залочена в будущем - "че за хрень" думает Linux клиент и начинает кричать о переиндексации.