Лучше ставить из репозитория, но Flatpak и Appimage тоже можно использовать. Хотя с установкой из flatpak, говорят, есть проблемы.
Я сколько пробовал работать с этим flatpak, snap и что там ещё - всегда были проблемы. Сначала идея понравилась, но когда вместо 20 МБ нужно выкачать 700 МБ - это печалит, причины понятны. И, по идее, каждый новый пакет должен тянуть меньше, т.к. должен использовать то, что уже скачано, по аналогии со слоями в docker, но что-то этого эффекта я особо не ощутил, разницы почти нет в размере, при установке нескольких программ. Но, кроме размера, есть другая проблема - грузится намного медленнее и кроме того ещё и глючит. Отдельные программы могут работать сносно, другими просто невозможно пользоваться по назначению, в любом случае проблем однозначно больше, чем при традиционной через менеджер пакетов.
