Ребят, ну должна быть какая-то логика? Взяли бы, настроечки в одно место положили, лишние убрали. Ну нельзя же такой беспорядок разводить :'(
Этот бы пост да в рассылку. А то из ООО здесь появляются 2.5 человека. Мы же - обычные пользователи. И да, Alterator сейчас много лучше чем раньше, но юзабилити у него хронически страдает.
Что касается пунктов главного меню, оно задается в т.н .desktop файлах хранящихся в /usr/share/applications. Видимо, в .desktop файле для Bluetooth прописаны 2 группы где он может появляться. Поэтому он в двух местах. Либо исправьте вручную сию ошибку, либо поставьте ошибку в Багтрекер чтобы разработчик исправил (правда, я не знаю какой это конкретно пакет).
А система, в которой все настройки хранятся в одном месте, и вообще с лучшим юзабилити - MacOS X. Но, увы, собственническая.