А kernel-source не нужно?
При обновлении ядра с помощью update-kernel не только собственно обновление происходит, там собирается загрузочный образ ядра, к нему пришиваются модули, всё это пакуется, устанавливается, перегенерируется grub. Перед этими процессами ваш модуль уже должен быть собран и добавлен/установлен. Где-то при сборке модуля или загрузочного образа очевидно файлы копируются в /usr/src и создаётся ссылка в /lib/modules.
Сейчас у вас хидеры, исходники, прочие файлы для версии текущего ядра установлены? Модуль собирается? Когда соберёте, как вы этот модуль раньше устанавливали? Повторите всё как раньше (как в первый раз делали). Наверное надо ещё этот модуль установить и перегенерировать загрузочный образ ядра и grub. Ну и перезагрузиться, естественно. Откатом на предыдущее ядро и прочими манипуляциями вы вероятно сбили очерёдность операций. Потому следует повторить всё как делали первоначально, когда собрали свой модуль.