Не очень понятно, зачем так усложнять себе работу (хотя я сам иногда так делаю, бывает), но если нужно создать стандартные директории (странно, что они не создались), то запускайте xdg-user-dirs-update.
Исходя из spec-файла, он запускается из /etc/X11/profile.d через иксы.