Расскажу о своем опыте - ntfs на винте (исторически так) объемы большие, винты бу, переносить некуда особо. Дуалбут, но винда нужна крайне редко.
Винду отправляешь спать. Работаешь в линуксе. Работаешь. Просыпается мафия винда и файлы новые пропадают :)
Во время если не заметить и не восстановить - то привет данным :)
Ну и поглядите на форуме - дуалбут и нтфс - могут всплывать такие проблемы...
Кроме того, вопрос по скорости записи на ntfs из линукса...