Похоже, что в используемой вами теме оформления Gtk отсутствует файл нужной иконки
indicator-messages.
Посмотреть список тем, в которых он есть можете с помощью команд
# apt-get install eepm
$ epmsf indicator-messages.png
$ epmsf indicator-messages.svg
или
онлайн.
Далее нужно установить пакет темы (например,
mate-icon-theme-faenza), выбрать эту тему иконок в
mate-appearance-properties (Тема → Настроить → Значки) и запустить скрипт повторно.
Проверил на ALW 10.1 и Debian 11 с MATE - в обеих системах при запуске вашего скрипта нужная пиктограмма в трее появляется, но при этом дополнительно вылезает мелкое окно с заголовком TTT - см. картинку из ALW 10.1 во вложении.
Врядли появление маленького окна было задумано. Вероятно вы используете устаревший API.
Относительно иконки и ее темы есть более простой вариант - вместо иконки
indicator-messages использовать поставляемую во многих темах иконку
emblem-mail, исправив соответственно код.