Выскажу свои предложения:
1) Непосредственно на этапе установки включить возможность переноса дистрибутива на жёсткий диск, как это сделано у Мандривы, чтоб не играть в диск-жокея. Существующая методика, мягко говоря, муторная. Или сделать возможным подключение вместо инсталяционного DVD диска его ISO-образа напрямую из Sinaptic.
2) Включить в состав дистрибутива математические пакеты Octave и Maxima. Лазать на репозитарии за ними не всегда удобно. А для научных целей они, особенно Octave, крайне полезны.