sb, не похоже, что хост сообщает некорректное время гостевой системе. Просто гостевая система временем хоста не интересуется, а спокойно инкрементирует своё собственное сохранённое время. Проблема скорее всего в реализации ораклом часов на виртуальной машине. Ещё замечание - расширения virtualbox для гостевой операционной системы не установлены. Вопрос адресован в первую очередь к знатокам Oracle VirtualBox. Скрипт запрашивающий время по ntp позволит решить окольным путём, т.е. когда нет интернета - не поможет.
У alt-linux'а была тоже выявлена проблема при использовании ntp: время запрашивается только один раз при запуске системы. Вполне возможно что это только на workstation, а server запрашивает время периодически, иначе смысла нет никакого. Поэтому и здесь вопрос - как настроить периодичность обновления времени по ntp средствами alt-linux.