1. У вас один общий раздел на весь дистрибутив?
2. Если у вас закончилось место, а вы хотите переписать содержимое конфигурационного файла, то содержимое его вообще теряется. Вам надо выяснить какие файлы испортились и восстановить их (с бекапа, или сконфигурив заново).
По-хорошему для нормальной работы надо, что-бы до четверти объёма раздела, куда пишется информация было свободно.