fsck исправляет только логические ошибки файловой системы.
Повреждения файлов в результате искажения, или потери, данных fsck вылечить не в состоянии.
Смотрите состояние SMART и поверхности HDD.
Если у Вас SSD, то может уже и flash-память с ума сходит, мне попадался 1 такой экземпляр - тоже терял содержимое файлов, хотя по SMART был в идеальном состоянии.