Обновлялся как положжено update -> upgrade.
Не понял.
1. apt-get update - надо делать для того, что-бы правильно проиндексировать где и что лежит на сайте. Например, если на сайте прошло обновление пакетов, то надо сделать новое apt-get update, независимо, делали-ли вы его до этого, или нет. Т.е. если вы хотя-бы один пакет обновляете. надо сделать apt-get update, если вы до этого не делали в течении суток (Обычно репозиторий обновляется раз в сутки, где-то в 7 утра).
2. apt-get upgrade делать не рекомендуется, надо делать apt-get dist-upgrade. (но я про это не спрашивал).