Просто, до тех пор пока не поймёшь, почему так у вас происходит, вам особенно никто не поможет. Самые простые решения, которое я нашёл -
1. Найти машину с Windows и проверить раздел диска с помощью его штатных средств, типа chdisk /f
2. Сохранить содержимое жёсткого диска где-нибудь, создать раздел на диске заново, каким-нибудь штатным средством Linux (например gparted), а потом вернуть всё обратно.