можно включить Compiz в качестве оконного менеджера, в нем есть такая возможность настравивать прозрачные окна (кнопка Alt + колесико мыши). Установите compiz config settings manager, открываетет ccsm и в пункте Специальные возможности включаете плагин "Прозрачность, яркость и насыщенность"