Теперь точно решил вопрос с кривым рендерингом. Вернул обратно все системные настройки шрифтов Simply Linux, а в ~/.config/fontconfig/fonts.conf добавил следующее содержимое:
<?xml version='1.0'?>
<!DOCTYPE fontconfig SYSTEM 'fonts.dtd'>
<fontconfig>
<dir>/usr/share/fonts</dir>
<dir>~/.fonts</dir>
<match target="font">
<!-- autohint was the old automatic hinter when hinting was patent
protected, so turn it off to ensure any hinting information in the font
itself is used, this is the default -->
<edit mode="assign" name="autohint"> <bool>false</bool></edit>
<!-- hinting is enabled by default -->
<edit mode="assign" name="hinting"> <bool>true</bool></edit>
<!-- for the lcdfilter see https://www.spasche.net/files/lcdfiltering/ -->
<edit mode="assign" name="lcdfilter"> <const>lcddefault</const></edit>
<!-- options for hintstyle:
hintfull: is supposed to give a crisp font that aligns well to the
character-cell grid but at the cost of its proper shape. However, anything
using Pango >= 1.44 will not support full hinting, Pango now uses harfbuzz
for hinting. Apps which use Skia (e.g. Chromium, Firefox) should not be
affected by this.
hintmedium: is reported to be broken.
hintslight is the default: - supposed to be more fuzzy but retains shape.
hintnone: seems to turn hinting off.
The variations are marginal and results vary with different fonts -->
<edit mode="assign" name="hintstyle"> <const>hintslight</const></edit>
<!-- antialiasing is on by default and really helps for faint characters
and also for 'xft:' fonts used in rxvt-unicode -->
<edit mode="assign" name="antialias"> <bool>true</bool></edit>
<!-- subpixels are usually rgb, see
http://www.lagom.nl/lcd-test/subpixel.php -->
<edit mode="assign" name="rgba"> <const>rgb</const></edit>
<!-- thanks to the Arch wiki for the lcd and subpixel links -->
</match>
<cachedir>/var/cache/fontconfig</cachedir>
<cachedir>~/.fontconfig</cachedir>
</fontconfig>
После чего собрал в ~/.fonts/ необходимые мне шрифты для интерфейса и перегенерировал кеши шрифтов. Перезагрузился, и всё встало на свои места. Шрифты рендерятся корректно и в интерфейсе и во всех браузерах на тестовой странице и на многих сайтах, где ранее замечал искажения.
Осталось малость подтюнить шрифты кое-где в интерфейсе установленных приложений, но это уже другая история, хотя решение похоже кроется где то в этом конфиге шрифтов или рядом.