qqq, вы в своем уме?
Ядро на флэхе лежит 1 файлом. Там же лежит init.rd если сборщик захотел. Там есть корневая ФС. И всё файлами.
Засунте диск с Linux в привод и вы увидите, что находится сейчас на флешке. Еще один загрузчик.
Там установлен загрузчик. Не такой, как на диске, для загрузки с жесткого диска. Вот его надо переделать так, чтоб он передавал ядру нужные данные от том, что ничего монтировать не надо и /cdrom ему не нужен. В худшем случае там может быть 2 корневых образа. Один для первичной загрузки, другой с корнем, который будет примонтирован, как Live-cd. Встречал оба варианта. Как сделано здесь, я не знаю. Т.к. еще не видел содержимого диска.
Вы хоть раз сами, в ручную загрузачные диски собирали вообще?