В конфиге lilo - всё, что автоматом прописалось, а вот для команды lilo, надо дать параметр -P ignore.
В общем-то можно пока убрать загрузку Windows, тогда команда и так пройдёт, а потом, после установки Linux и загрузки в него, добавить загрузку Windows (например, из центра управления системой).