удаляете из домашнего каталога папку ~/.wine
а где найти папку пользователя root?
Вы запускали wine от имени root ? Зачем?
Папка с профилем .wine создаётся, если её не было, в домашнем каталоге того пользователя, от имени которого и запускался wine
В эту папку с профилем и устанавливаются виндовые программы.
Таким образом, у каждого пользователя linux совершенно независимый от других профиль (со своим набором установленных виндовых программ).
Более того у одного пользователя при необходимости может быть несколько профилей wine (управляется переменной окружения WINEPREFIX)
При удалении из системы программных пакетов wine профили надо удалять отдельно. Или не надо удалять, если в дальнейшем они как-то будут ещё использоваться. Всё зависит от ситуации.