Мне нужна не автоматика, а ручной режим,
Для ручного режима словари не думаю что сильно нужны..
Для алгоритма - "выделил текст - перекодировал - заменил выделенное" скорее всего возможна чисто скриптовая реализация не xclip(прочитать выделение)+tr(перекодировать)+xclip(записать в буффер)+xdotool (эмулировать нажатие shift-ins).
Потом повесить на две клавиатурные комбинации скрипты для перекодировки "туда" и "обратно" отличающиеся только таблицами для tr.