Перед выходными поставил на автообновление сервера, и вот уже второй день замечаю, что место не исчезает. Судя по всему сервер обновился, но проблема есть и при переустановке появится.
И еще хотелось бы узнать как на сервере смонтировать флешку, или покажите где почитать про это.
Буду дальше наблюдать. Всем спасибо!