Если у вас требуется уникальная разбивка диска, то в чём проблема предварительно загрузиться с live-образа и через тот же GParted сделать разбивку такой, как вам надо? А потом уже в инсталляторе использовать имеющуюся разбивку.
ЗЫ. Длинные имена файлов/каталогов - это конечно приятно, но рано или поздно всё равно вылезет проблема с такими длинами. Либо при копировании на другую файловую систему (тот же внешний носитель), либо какая-то программа внезапно откажется работать со слишком длинными путями.
Из личного опыта не под линуксом: MS Word 2010 не сумел открыть документ, полный путь к которому оказался слишком длинным, достаточно было в том же проводнике (он сумел) перенести на пару папок выше, и всё нормально открылось.
