А как XDG отличит конфигурационный text/plain от иного?
А зачем? То, что данная конкретная программа умеет plain text, это скорее ее приятный бонус. Предназначена она для чтения "книг", которые, обычно, не в plain text. Поэтому достаточно просто оторвать эту привязку. Пусть открывает только fb2 и подобные. Если кому-то понадобится прочитать книжку в plain text, то он "знает, что делает". А для plain text оставить все же любой текстовый редактор, причем желательно такой, в котором по умолчанию моноширинный шрифт.
Точно так же, как достаточно "отучить" архиватор открывать doc/odt (упоминается в баге). Ну это же красноглазые понты -- привязывать архиватор к офисным файлам. Понтанулись авторы (сборщики?), показали, что они знают, что офисный файл есть зазипованный xml. Но пользователю на это совершенно (и справедливо) наплевать. Они ожидают открытия документа в офисе, или жалобы "офиса у вас нету".
Чуть-чуть творческого подхода к настройке, и можно обойти половину проблем.
А "стандарты FreeDesktop" лучше бы похоронить вместе с самим freedesktop, ибо они сначала делают, а потом думают. К сожалению :(