Да, какие-то странности в зависимостях.
Обновляется libmate-menus, но mate-menus не обновляется, а удаляется из-за этого конфликта с altlinux-freedesktop-menu-mate.
Нужно сначала удалить altlinux-freedesktop-menu-mate, тогда обновление пройдёт нормально.