У меня подтверждается - картина аналогичная.
При работе Netbeans - на 4.2.3 - одно ядро грузится на 100%, остальные - простаивают, на 4.1.6 - все 4 ядра (два "настоящих" + 2 hyperthread) грузятся равномерно.
Проверил на broadwell и на ivy bridge.
Вернусь-ка я пожалуй на "родное" 4.1.6
PS. Если в htop включить отображеие привязка процесса к ядру, то у 4.2.3 все процессы "висят" на 1-м ядре, а на 4.1.6 - "размазаны" более-менее равномерно по всем ядрам.
PS2. А вот как-бы проверить/подтвердить - это баг kernel, который грузит только одно ядро, или баг htop, который не умеет отобразить правильно загрузку ядер процессора на этом kernel..