Подтверждаю, есть такая неприятность.
На той неделе установил начисто Alt Workstation 10.1 на ноутбук с самым минимальным набором приложений. Qemu-kvm также не устанавливал. Потом по мелочи что-то поставил и, как всегда, подчистил за собой. Авторизовался в терминале MATE через "su -" и autoremove удалил мне sudo. Я и ойкнуть не успел - не ожидал, никогда такого не было.
Сегодня делал чистую установку на другом компе и там установил многое, в т.ч. и qemu-kvm. И точно также "su -" и autoremove удалил мне sudo.
Так что, qemu-kvm здесь ни при чём.
Я не большой спец в линухах, но мне кажется, дело в том что, авторизуясь через "su -" мы авторизуемся как root и затем выполняем autoremove от имени root-а. А для него пакет sudo лишний. Если поставить заново пакет sudo и авторизоваться, то в терминале чётко написано "[sudo] password for user:" и мы авторизуемся под текущим пользователем. И под ним команда "sudo apt-get autoremove" не удаляет sudo.