Поменять их местами полностью сложно, особенно удаленно. Вот отдельные каталоги переносить можно.
Хм... Если места на /home достаточно... Если как-то так попробовать?
Перемещаем все что есть в том разделе в /home/home
Перемещаем в корень того раздела где сейчас /home все из / кроме /sys, /run
делаем в новый корень chroot
переустанавливаем GRUB на новый корень
теперь у нас "вся система на одном разделе"
перегружаемся
теперь или обновляемся (если места достаточно) или перемещаем /home на тот раздел где раньше был grub
Может чего и забыл но на virtualbox можно потом просто восстановить снапшот и попробовать "по другому"...