посмотрите параметры колонтитулов, полей и т.д..
В Medit при печати в PDF или экспорте в PDF нет настройки отступов и прочего. Заголовки и подвал отключены. Первые страницы печатаются нормально.
А зачем именно такой экзотикой делать pdf?
Если вариант предусмотрен, он должен работать. Этот вариант не экзотический. Medit и LibreOffice основные текстовые редакторы в АльтЛинукс. Я пользуюсь блокнотом, потому что мне удобнее работать в нем. В том числе и с большими текстами. Плюс удобно автоматизировать процессы копирования, переноса текста и прочего именно в Medit.
В общем Блокнот вещь удобная, а появление в ней функции экспорта в PDF, это хорошая опция, -- по крайней мере, для меня.