Вроде бы прояснилось. Запускаю конвертацию файла markdown в pdf-презентацию с дополнительным указанием семейства шрифтов (в моем примере Arial) - и все получается.
pandoc --pdf-engine=xelatex -V 'mainfont:Arial' -t beamer slide.md -o slides-1.pdf
Припомнил, что pandoc я ставил не из репозитория, т.к. в нем не был устранен баг конвертации в docx, а с сайта, следовательно в нем не прописаны русские шрифты. В общем - надо подождать исправления баги в репозитории, чтобы вся поддержка русского языка шла из коробки
