Я даже догадываюсь что проблема возникает при пользовании KDE, ибо бага эта известная. xbindkeys решает не только локальную проблему, т.е. настройки будут действительны как для GNOME, XFCE, KDE, так и для многих WM, но плюсом, при отключении в настройках KDE мультимедийных функций, возможно позволит решить и этот баг, поскольку настройки xbindkeys от KDE совершенно независимы.