Если установлеи wine (а в simply он ЕМНИП по умолчанию устанавливается) то есть некоторая вероятность что пролезший в систему через уязвимомть браузера, вложение в почту и т.п. "виндузовый" троян все-же сможет запуститься. Убить систему у него вряд-ли получится, но вот сделать что-нибудь нехорошее с пользовательскими данными - запросто.
Сам он не запустится, пока его явно не запустишь при помощи wine. И в автозапуск он прописаться вряд ли сумеет (у wine вроде нет автозапуска). Большую угрозу, имхо, представляют вредоносы на java-скрипт. Но они тоже, как правило, безвредны Линуксу, но только потому, что их авторы ленятся реализовать поддержку Линукс