bash, ls, mv, ssh, rm, mkdir, find, grep, less, more (иногда), udev (постоянно - классная программа), mkinitrd (по необходимости), KDE, thunderbird, firefox, psi, kpowersave, xterm, xterm, xterm, warzone2100, su, mc, killall, xine, mplayer, mythtv, ping, tracepath, vsftpd, apache, cat, sync, mpg123, transmission, nslookup, bind, hostinfo, telnet (редко), wpa_supplicant, etcnet, ps, dmesg, pm-suspend, xvinfo, man, git-log, git-push,git-clone, git-..., df, gear, gear-rpm, hsh, compiz, rsync, bzip2, rpm, apt-get, apt-shell, apt-cache, objdump, gcc, ld, make, rpmbuild, bc (рулит), fgrep, autoconf, configure ;), locate, egrep (редко), libtool, ar, unrar, unzip, cpio, tar, xprop, dcop, xset, xview, glxinfo, ppracer, add_changelog, scp, qemu-kvm, qemu, vi, pmount, pumount, java (по необходимости), mcedit, strip, sudo, chroot, strace...
наверняка что-то забыл важное...