Не знаю насколько правильно, но я делаю так.
В новый каталог скопировать каталоги ~/.config, ~/.local, можно добавить ~/.icons и ~/.themes если в них чего есть.
Пройтись по ним поиском из Midnight Commander по содержимому файлов на предмет вхождения существующего имени пользователя.
Файлы где это вхождение есть рассматривать пристально. Либо их можно удалить, либо придётся при разархивировании на новом пользователе менять имя через sed.
Написать скрипт замены имени, в котором указать все эти замены через sed.
Потом всё что получилось завернуть в архив находясь в самом новом каталоге, чтобы в архиве пути были без лишней левой части.
Под новым пользователем кладём архив прямо в домашний каталог, разархивируем и запускаем скрипт замены имени.
