А зачем у Вас установлен kernel-modules-virtualbox? Это гипервизор, внутри виртуалки ни к чему.
Аналогично ни к чему внутри виртуалки гипервизор kernel-modules-kvm.
Думаю, имеет смысл удалить kernel-modules-staging и установить kernel-modules-virtualbox-addition-guest-std-def kernel-modules-virtualbox-addition-std-def kernel-modules-virtualbox-addition-video-std-def. Предварительно, выполнив update-kernel. А после установки модулей make-initrd. После чего пробовать грузиться с последним ядром.