Зависит от того - с каких ОС будете на неё заходить. Если c Linux и Windows - однозначно только ntfs. Windows, хотя и работает с extX, начиная с 10 версии - но там бывает так, что его перестаёт она видеть и даже может затереть. А у Linux до сих пор проблемы с ntfs - бывает что монтируется раздел только на чтение или вообще не монтируется - лечится это заходом под Windows (иногда ещё в проводник там надо зайти в соответствующий раздел, если он не системный).