1. Шаги по созданию сборки из первой статьи не проверял, а по второй - проверял, все собирается как описано.
2. клонировал сейчас профиль git://git.altlinux.org/people/boyarsh/packages/mkimage-profiles-desktop, подключил зеркало р5, подправил в нескольких местах три профиля, закоментировал отсутствующие в р5 пакеты (по одному пакету в профилях kernel.in xorg.in base.in), далее три команды выполнил в полученном клоне :
autoconf
./configure --with-distro=minimal
make minimal.cd
собрался образ минимала размером 230 Мб.
3. скорее всего Вы правили что-то не то. Какие конкретно файлы правили ?
4. возможно ошибаюсь, но логика использования профилей примерно такая - kernel.in, xorg.in, base.in, далее цель и описание в use.mk.in
В принципе там нет ни чего сложного.