Думаю, на Линуксовых серверах было бы вкусно иметь OpenVZ-ную машинку с РУЖЭЛЬю. :)
Чтобы развивать вкус к OpenVZ, было бы логично поставлять ШС в этой логике. Например, чтобы в отдельных вирт-серверах были: управляющий модуль, Apache, SQL, Java, Wiki, Moodle..., чтобы отдельный пустой сервер можно было создать легким нажатием на кнопку в управлящем модуле (альтераторе?).
Тогда и РУЖЭЛЬ к ним можно было бы органично пристроить. Он же не монолитный продукт, а использует разные стандартные службы. Если делать его полностью автономным, не очень понятно, зачем держать отдельный экземпляр SQL, Java, Apache?
Для РУЖЭЛЬ функции Apache весьма ограничены - передать управление Яве и забрать от нее код для отсылки в ответ на запрос. Если ставить его для РУЖЭЛЬ, дублируя основной, нужно мудрить с портами, чтобы избежать конфликтов, специально урезать функциональность, чтобы зря не уедать ресурсы под Apache.
SQL для РУЖЭЛЬ работает абсолютно штатно - второй экземпляр явно избыточен.
Отдельный экземпляр Явы еще можно понять - она подгружается по мере необходимости.
Я бы видел ШС с РУЖЭЛЬ в виде модуля Apache со встроенным WO-адаптером, модуля SQL с базами и пользователем для РУЖЭЛЬ, модуля Java с библиотеками WO и приложениями РУЖЭЛЬ. Надо бы тогда к запускающей процедуре РУЖЭЛЬ дописать проверку наличия внешних ресурсов, чтобы она не впадала в истерику при их отсутствии.