нет четких границ
Что интересно, такое поведение замечено в file-roller, а вот в gnome-sound-recorder такого эффекта нет, границы чёткие.
Обновить – это поправить самостоятельно css в gtk3-theme-clearlooks-phenix
Пока только смог в их наличии удостовериться, не более.

Ведь непонятно какие конкретно стили править нужно, то есть неясно какой стиль отвечает за рамку вокруг окон...
Может кто подскажет, Adwaita - это гномовский стиль какой-то что ли ? Почему с ним проблем меньше ?
Я на Sisyphus перешёл на Adwaita + Faenza, иначе тоже слегка интерфейс "посыпался".