Методом перебора выяснил, что квадратики появляются если установить пакет fonts-bitmap-75dpi, при fonts-bitmap-100dpi такого не наблюдается. Поумолчанию используется шрифт в папке /usr/share/fonts/bitmap/75dpi/ helvR12*.pcf.gz и helvR14*.pcf.gz. Каким образом, если это возможно, проследить за программой, для того чтобы узнать какие файлы она использует и подгружает?