При более детальном изучении ключевого носителя и сравнения его содержимого на разных OS, выяснил, что контейнер с ключами Континента, не виден в Linux. Для подтверждения догадки даже поставил криптопро 5.0 и, как вариант, воспользовался утилитой cptools.
Подскажите, в чем принципиальная разница в этих двух контейнерах и почему виндоза видит оба контейнера, а Linux только контейнер созданный через криптопро.