и установки программ.
Для установки программ он, имхо, еще сыр (хоть и имеет хороший задел на будущее (скажем удобное распределение по типам пакетов))...
Нельзя, скажем, сразу выбрать несколько программ путем одновременного выделения (нужно по одной выщелкивать).
Сложно подглядеть, что именно тянет за собой пакет...
Нельзя сохранить отмеченный список пакетов на будущее...
Да и штатная обновлялка через Синаптик работает, а не альтератор...