Сегодня посмотрел свежим взглядом - оказывается при загрузке ситема проверяла /var, так как нашла там ошибки. Но думаю, что эти ошибки - следствие случившегося, а не причина.
Вспомнил еще что при запуске сервиса альтераторов и непродолжительной работе с ними ( обзорная экскурсия ) была та же самая беда с ФС.
Может стоит ФС установить не ext3, а того типа, который предлагается по умолчанию для /var?