что делать?
1. Подтвердить, что магазин работает "быстро" любым способом.
(если не переустановкой, то
а) сменой дистрибутива,
б) компьютера,
в) связи с Интернет
и т.д.)
2. Приблизить "найденную_быструю_конфигурацию" к текущей,
насколько это возможно, без потери "быстроты".
3. Оставшиеся отличия - это ключ к Вашей проблеме.
Выложите их здесь.