Закомментируйте строки про kernel в секции Allow-Duplicated файла /etc/apt/apt.conf и будет обновляться.
Это мне то-же не хочется делать, так у меня по
apt-get dist-upgrade начнёт ядро обновляться.
Я надеялся, что update-kernel обновит.
PS Но это всё мелочи, не стоящего вашего внимания. Теперь буду знать, что иногда надо делать "обновление руками".