Попробуйте находясь в каталоге с кучей пакетов сделать тупой apt-get install *
Если пакеты там новых версий по сравнению с имеющимся в системе или вовсе в системе отсутствующих, то по логике все пакеты должны либо установиться либо обновиться до новых версий. Если нужны конкретные пакеты, а не все, что есть в архивной папке, то перекиньте во временную папку те, что нужно установить и командуйте apt-get install *