В консоли можно управлять, копировать ли атрибуты файлов (см. cp --help, или в mc соответствующий чекбокс при копировании). А вот в графических средах копирование всегда с сохранением атрибутов.
Можно конечно попробовать сделать, чтобы readonly-устройство (CD/DVD) монтировалось с выставленным атрибутом записи, но тогда возможны коллизии при попытке отредактировать файл непосредственно на устройстве (атрибут файла позволяет, а вот физически устройство не позволит сохранить), либо попытке создать папку на таком устройстве.