GNS3 разработан для симулирования сложных компьютерных сетей. Она дает возможность создать макет сети, максимально приближенный к реальному аналогу, не требуя при этом наличия специфического оборудования, такого как коммутаторы и маршрутизаторы. Приложение фактически использует соответствующие эмуляторы для работы таких же операционных систем как в реальной сети (Dynamips, VirtualBox, Juniper и Qemu), каждый из которых выполняет свой набор задач. GNS3 также может быть применена для создания и тестирования модели сети, которую планируется развернуть в будущем.
В дополнение ко всему, программа содержит много дополнительных интересных возможностей, например, подключение виртуальной сети к реальной, или перехват пакетов при помощи программы Wireshark. Наконец, благодаря поддержке VirtualBox, системные администраторы и инженеры могут использовать программу для создания лабораторий, тестирования функциональности сетей.