Видимо, проблема в том, что Thunar воспринимает их как приложения, о чём говорит тот факт, что первым пунктом в контекстном меню у них идёт Выполнить. Поэтому он пытается их запустить как программы, что на Линуксе невозможно. Если файл лежит не на NTFS, то можно в его свойствах снять галочку "Разрешить запуск этого файла как приложения" и тогда первый пункт изменится на "Открыть в wine" и будет запуск по двойному щелчку. Но на NTFS она не снимается. В общем, думаю, всё бы заработало, если бы как-то убедить Thunar, что это не приложения.