Устройства USB отключаются при нажатии на меню "отключить диск", но питание с них не снимется.
Питание снимается не с USB порта, а внутри накопителей.
На порту питание присутствует постоянно.
На первом изображении вставлена и смонтирована флешка на 4 ГБ. Обычная рабочая ситуация. По значку треугольника в круге флешка нормально отмонтируется и отключается, пропадая из списка.
На втором изображении флешка намеренно отмонтирована командой из консоли, чтобы показать вам состояние отмонтированного устройства, но ещё не отключённого.
То есть, в любой момент его снова можно смонтировать и использовать без перетыкания в разъёме.
Обычно, система определяет тип накопителя, извлекаемый он, или нет, и на основании этого, после размонтирования, либо отключает устройство, либо нет. Так должно работать, если с ОС всё в порядке.
На третьем изображении показан пункт меню "Остановить", который даёт накопителю команду на отключение. Его можно использовать, для отключения накопителя, когда он уже отмонтирован. Отключённый внешний HDD останавливает шпиндель.
Изображения сняты с файлового менеджера Сaja в среде MATE.
Странно от Вас это слышать. Дисковая утилита выполняет как раз те команды, что Вы и написали.
Я это сказал к тому, что в файловом менеджере уже всё это есть и сторонние утилиты не нужны. Вопрос в корректности работы штатных средств.